Důvodem zrušení byly finance a také to, že vědecká obec chtěla sondu k Jupiteru, zatímco veřejnost chtěla sondu k Plutu. Američané protestovali, protože Pluto objevil Američan (Clyde Tombaugh v roce 1930). Sepsali petici a vše proběhlo v pořádku dokud nebylo zastaveno financování projektu. V roce 2002 byla vytvořena nová skupina sond pro výzkum sluneční soustavy s názvem New Frontiers. K této skupině by měla patřit i sonda New Horizons.

Sonda využije gravitační působení Jupitera k urychlení letu, přičemž bude zkoumat Jupiter a jeho měsíce. V roce 2016 by měla sonda doletět k Plutu a jeho měsíci Charonu. Pak by měla získat informace minimálně o jednom objektu Kuiperova pásu. Pozorování Pluta a Charonu začne půl roku před průletem. Cílem mise je zmapování povrchu obou těles a analýza povrhu i atmosféry.

Atmosféra je důležitým faktorem proč nelze start sondy prodlužovat. Atmosféra při oddálení od Slunce zamrzne. Někteří skeptici tvrdí, že zamrzne právě při příletu sondy. Základní výbavou sondy je multispektrální a teleskopická kamera, rádiový a částicový experiment a experiment Dust Counter, který zaznamená srážku s částicemi meziplanetárního prachu.

Sonda nebude zkoumat pouze planetu Pluto, ale i jeho měsíc Charon, který byl objeven v roce 1978. Charon má tmavší povrch než Pluto. Tuto zvláštnost vysvětluje hned několik teorií. První teorie předpokládá, že Charon je těleso z Kuiperova pásu. Druhá teorie naznačuje odlišný vývoj a to tak, že by tmavá hornina byla na Charonu zastoupena více než led, který víc odráží sluneční světlo. Třetí teorie je založena na malé vzdálenosti mezi tělesy (19 640 km). Podle ní si Pluto pomocí gravitace bere od Charona materiál, který dopadá na povrch Pluta a vytváří tak světlé oblasti. Na základě malé vzdálenosti jsou někteří vědci přesvědčeni, že pohyb Charon zahřívá a tedy by na něm mohla být jednoduchá forma života. Již dnes víme, že Pluto i Charon tvoří vodní a metanový led. Na povrchu obou těles je množství kráterů.

Planetu lze zahlédnout většími dalekohledy, ale oddělit měsíc a planetu dokážou pouze velké teleskopy, včetně Hubblova vesmírného teleskopu. Po výzkumu Pluta i Charona bude New Horizons zkoumat minimálně jedno těleso z Kuiperovýho pásu. Předpokládá se, že sonda bude aktivní ještě dalších 5 až 10 let po průletu. Již nyní se plánuje vypuštění dvojníka této sondy — New Horizons II. Ten by měl odstartovat 2 až 3 roky po New Horizons I. Cílovým místem bude Kuiperův pás. K dosažení této oblasti využije gravitační pole Uranu, kterého bude také zkoumat.